2017’de Trabzonspor’dan Fenerbahçe’ye gidebilmek için kadro dışı kalmayı göze alan ve 6 ay futbol oynamayan Ekici, sarı-lacivertlilerle 3 yıllık sözleşme yapmıştı. Fenerbahçe ile sözleşmesi sona eren Mehmet Ekici beklenen haberi alamamış ve Fenerbahçe oyuncuyla yollarını ayırmıştı. Fenerbahçe ile yollarını ayırdıktan sonra serbest statüde bulunan Mehmet Ekici, transfer döneminin bitmesine kısa bir süre kala halen kendine takım bulamadı.