Bordo mavili kulüpte 2007-2008 sezonunda Ziya Doğan'ın istifa etmesinin ardından 11'inci haftadaki Ankaraspor maçıyla göreve başlayan Ersun Yanal, 2008-2009 sezonunun 29'uncu haftasındaki 3-0'lık Sivasspor mağlubiyetinin ardından görevinden istifa etti. Bu süre içinde 53'ü lig 9'u kupa olmak üzere Trabzonspor'la 62 maça çıkan Ersun Yanal, Avrupa'da mücadele edemedi. Yanal, Metalist Kharkiv maçıyla ilk kez Trabzonspor'un başında bir Avrupa sınavına çıktı.