İnce, hakkındaki iddialar sonrası 2013'te bakanlık görevinden istifa eden Avrupa Birliği eski Bakanı Egemen Bağış'ın Prag'a Büyükelçi olarak atanmasına tepki gösterdi.

Muharrem İnce, sosyal medya hesabından yaptığı açıklamada Bağış'ın atanmasına ilişkin "Kendisine muhalefet edenleri Cumhurbaşkanı’na hakaret gerekçesiyle hapse atıyor, dinimize hakaret edenleri, dinimizle dalga geçenleri ise Büyükelçi yapıyor. Türkiye’yi bu kafa yönetiyor." ifadelerini kullandı.