Partilerin sağladığı uzlaşmaya göre, Başkomutanlık, ''TBMM'nin manevi şahsiyetine ait olup Cumhurbaşkanı tarafından temsil edilir'' şeklinde kaleme alındı. AK Parti, Başkanlık sistemi önerisi kapsamında ''Cumhurbaşkanı'' yerine, ''Başkan'' ifadesinin kullanılmasını istedi. Milli Savunma’dan ve Silahlı Kuvvetlerin yurt savunmasına hazırlanmasından TBMM'ye karşı, Bakanlar Kurulu sorumlu olacak. AK Parti, Başkan'ın sorumlu olmasını önerdi.  Genelkurmay Başkanı, silahlı kuvvetlerin komutanı olup Milli Savunma Bakanı'na bağlı olacak.  Genelkurmay Başkanı, Milli Savunma Bakanı'nın inhası ve Bakanlar Kurulu'nun teklifi üzerine Cumhurbaşkanı tarafından atanacak.